non , rouler avec un cylindre n'est pas forcément dommageable mais bon ce n'est pas conseillé.
Après une bobine HS , j'ai fait 70kms pour rentrer sur un cylindre , à part une belle consommation, je n'ai pas eu de problème autre.
Il faut voir si toutes tes durites au niveau de la boite à air sont bien branchées et pas percées ou fendues (les toutes petites en caoutchouc , et les grosses striées )
Si tu ne vois aucun changement après cette vérif , débranche le moteur pas à pas et regarde si les symptômes persistent .... tu auras ta réponse.